पशु, पशुजन्य पदार्थ वा पशु उत्पादन सामाग्रीमा कुनै रोग लागेको छ, छैन भन्ने कुरा यकिन गर्न पशु, पशु जन्य पलार्थ वा पशु उत्पादन सामाग्रीलाई कुनै खास ठांउमा तोकिएको अवधिभर परीक्षणको लागि एकैसाथ वा छुट्टा छुट्टै रादिने कार्यलाई पशु क्वारेटाईन भनिन्छ ।

यो क्वारेटाईन अन्तराष्ट्रिय सिमानामा बोर्डर क्वारेटाईन र देश भित्र २४ ओटा पशु क्वारेटाईन चेक पोष्टहरू संचलान भै आएकोमा २०६१ साल देखी ८ वटा पशु क्वारेटाईन कार्यालय स्थापना गरी सो अन्तरगत पशु क्वारेटाईन चेक पोष्टहरू रहने गरी नयां संगठनात्मक स्वरूप अनुसार यस पशु क्वारेटाईन कार्यालय अन्तरगत पशु क्वारेटाईन चेक पोष्ट जटही (धनुषा), भिट्टामाड (महोत्तरी) तथा मलंगवा (सर्लाही) मा चेकपोष्ट संचालन हुने गरी कार्यालय स्थापना भै कार्य संचालन भै आएको छ ।

नेपाल एक भुपरीवेष्ठित मुलुक हो । यस मुलुकमा १०० किलोमिटर खुल्ला सिमाना छ । खुल्ला सिमाना भएकोले आवत जावत गर्ने पशुपंक्षीहरूको निगरानी र त्यसका मध्यमबाट भित्रिने संक्रामक रोगको नियन्त्रण गर्न पशु क्वारेटाईनलाई व्यवस्थित पारेर लैजानु आजको अपरिहार्यता हो ।

पशु रोगहरू संख्या र प्रकोप बढदै जानुको एउटा प्रमुख कारण पशुपंक्षी तथा सोबाट उत्पादीत उत्पादनको अनियन्त्रित आवत जावतलाई लिन सकिन्छ । तसर्थ देशभित्र फैलिन सक्ने र छिमेकी देशहरूबाट भित्रिने संक्रामक रोगहरूलाई समयमा नै नियन्त्रण गर्न र भविक्ष्यमा पंशु जन्य उत्पादनमा अधारित उद्योगहरूलाई बाढावा दिई बहुसंख्यक कृषकहरू आधारित रहेको यस व्यवसायलाई बढी लाभदायक बनाउन, पशु क्वारेटाईनको महत्व कम छैन ।